2004年中国文联、中国民间文艺家协会授予吴元新第五届中国民间文艺“山花奖”。成为本次评选中江苏省唯一获奖的民间艺术家。

2004年度荣获了全国优秀文艺奖项一等奖。2005年6月设计的“蓝印花布工艺系列”荣获金奖。

2005年中国文联、民协授予吴元新第七届中国民间文艺最高奖“山花奖”成就奖（获此奖全国只有5位民间文艺家）。

2006年作品《桌旗、靠垫系列》荣获第八届“山花奖”。[2]

2002年4月参加首届中国旅游纪念品设计大赛，荣获金奖。

2004年6月参加北京首届中国民间工艺品博览会，创作的“蓝印花布工艺品系列”荣获第五届中国民间工艺“山花奖”金奖。

2005年6月在北京参加第二届民间工艺品博览会上吴元新设计的“蓝印花布四件套”，荣获金奖。

2005年10月第六届中国工艺美术大师作品展在杭州举办，设计的荣获金奖。

2006年10月在天津参加“第三届中华民间艺术精品博览会”，设计的作品《狮子滚绣球蓝印花布台布》荣获金奖。

2006年在北京被授予第七届中国民间文艺“山花奖”个人成就奖

2007年11月在苏州吴元新作品荣获第八届中国民间文艺最高奖“山花奖”。

2008年11月作品《百子状元图》荣获“中国传统工艺美术精品大展”银奖。

2010年作品《夹缬真丝系列》荣获第五届民间工艺品博览会金奖。

2010年作品《真丝夹缬》荣获江苏省民间工艺“迎春花”荣誉奖。

2011年10月蓝染作品《喜鹊登梅》获得第六届中国民间工艺品博览会金奖。

2011年12月，作品《夹缬系列》荣获第十届中国民间文艺“山花奖”。

2012年6月，荣获“中华非物质文化遗产薪传奖”。