1996年联合国教科文组织为了表彰吕存在民间文化的保护和传承、创作方面的卓著成绩，特授予他为江苏省唯一的“民间工艺美术大师”荣誉称号；

1997年，经江苏省人民政府批准，吕存被授予“江苏省工艺美术大师”荣誉称号；

1999年中国文联给予吕存全国“百名优秀青年文艺家”的荣誉；

2005年，吕存获“江苏省有突出贡献的中青年专家”的荣誉称号；

2008年，吕存获享受国务院政府特殊津贴；

2012年，吕存荣获“中国工艺美术大师”称号。